Concepto que abarca la totalidad del bioma microbiano, incluyendo levaduras y bacterias, que cohabitan en un tanque de fermentación. No se limita solo a la cepa inoculada, sino a la interacción competitiva y cooperativa de toda la población microbiológica presente.
El manejo de este ecosistema implica crear condiciones que favorezcan la prevalencia de microorganismos que aportan perfiles sensoriales complejos y frescos, minimizando la intervención química. Es el paso de la fermentación dirigida a la gestión inteligente de la vida microscópica.